Em 1940, a polícia de Tamagawa quis prender Meishu Sama, alegando exercício ilegal da Medicina. É fácil imaginar-se que os médicos não podiam gostar dum concorrente assim prestigioso!
Esgotado, Meishu Sama resolveu fechar a sua clínica. Até 1944, deixou de curar abertamente, dedicando-se à preparação de discípulos. Nunca pôde deixar de tratar doentes. Pessoas influentes, militares e políticos, vinham atrás dele, pedindo sua terapia.
Mas o número de clientes era limitado, de modo que sobrava mais tempo para a vida espiritual. Foi a época em que visitou alguns templos de renome, em serviço de sua missão no plano insondável de Deus. O Mestre era um elemento de ligação de Deus Supremo para a instalação da Era do Dia na Terra. Em 1942, Meishu Sama já tinha fundado dez igrejas messiânicas.
Já escrevia em pergaminhos a frase “Luz Divina”, os quais eram distribuídos aos discípulos dirigentes de Templos e considerados como Imagens para o altar.
Os terapeutas que Meishu Sama formava por meio de Ensinamentos e prática do Johrei foram, depois, os líderes espirituais da Doutrina Messiânica. Meishu Sama também se entretinha pintando retratos de Kannon, uma das Entidades Superiores, protetoras da humanidade. Levava uma vida relativamente calma. Os passeios não precisavam obedecer a horários rigorosos e podiam ser mais prolongados. É verdade que o Mestre devia ter muitas preocupações com as dívidas, a manutenção da família, gastos com os servidores. Porém estava sempre sereno e bem-humorado, inteiramente entregue em pensamento à sua missão espiritual. Cercado pela família e discípulos, aguardava o momento oportuno, com plena confiança em Deus.
A 08 de dezembro de 1941, o Japão entrou na Segunda Guerra Mundial. Com o evento da guerra, cresceu o número de doentes para Meishu Sama tratar. A situação política exigia que o Mestre trabalhasse quase às escondidas e, mesmo prudente, foi perseguido.
Mas Meishu Sama nunca deixou de dar seus passeios a pé. A esposa acompanhava-o frequentemente. Era quando tinham oportunidade para conversarem. Contemplando a natureza tão bela nas planícies de Musashino e à beira do rio Tamagawa, o Mestre falava sobre seus planos e aspirações para a expansão do Plano de Deus. Nada o fazia perder o otimismo. Sua mente não aceitava pensamentos negativos. Por mais intensos que fossem os sofrimentos, jamais se queixou.
Meishu Sama explicava à esposa que aquela guerra bárbara era um mal necessário. O Bem e o Mal são parte integrante do insondável Plano de Deus. A humanidade estava sofrendo muito e muitos tinham perdido toda e qualquer esperança. Estas pessoas, boas e bem intencionadas, deixavam-se envolver pelas nuvens da dúvida e não conseguiam enxergar uma saída para seus problemas. Nem a Religião, nem a filosofia e nem a Ciência podiam dar-lhes alguma esperança! Era um beco sem saída.
Meishu Sama falava sobre a Revelação, a única capaz de explicar como a existência do Mal no mundo foi útil e necessária. A guerra, um dos piores males, ceifa vidas, aumenta a miséria, espalha doenças, crucifica o coração do homem. Mas foi para evitar a guerra que o homem fez evoluir a cultura. A inteligência humana criou e descobriu muitas coisas por causa da guerra. Os povos, vencidos ou vencedores, sempre tiraram grandes proveitos da guerra, sob o ponto de vista do desenvolvimento social e econômico.
A mesma verdade se aplica à sociedade e ao destino do homem. O doloroso e eterno conflito entre Bem e o Mal nada mais é que uma escada que sobe para o Progresso.
O Mal é uma desobediência à Lei Divina. O Supremo Criador criou o homem para ser feliz. Portanto a duração do Mal tem de ter um limite. Quando o Mal deixar de ser um simples instrumento para a evolução humana, então deixará de existir.
O homem purificado e espiritualizado acabará com o Mal dentro e fora de si mesmo. O Plano de Deus é a preparação do homem para o Paraíso na Terra.
Foi nestes passeios vespertinos que Meishu Sama contou à esposa um plano louco: queria construir um Museu de Arte! Queria que as obras de arte pudessem ser vistas e apreciadas por qualquer um, em vez de ficarem fechadas nos palácios.
Yoshiko, por mais que se surpreendesse com as ideias do marido, nunca o contradizia. Calada, ela pensava: “Estamos cheios de dívidas! Mokiti nunca poderá levantar um capital que dê para a criação dum Museu de Arte". Mas o absurdo aconteceu. O Japão saiu da Segunda Guerra Mundial completamente modificado. Foram abaladas suas estruturas básicas. Com a paz, vieram reformas radicais e modificações inimagináveis. Os ricos e favorecidos tiveram de adaptar-se ao novo sistema. Já não eram mais os poderosos! Muitas famílias ricas e nobres tiveram de vender suas imensas e valiosas coleções de arte a fim de enfrentarem os impostos e a queda do câmbio.
Meishu Sama não perdeu esta oportunidade. A guerra terminou a 15 de agosto de 1945. O Mestre costumava dizer para escândalo de muitos de seus compatriotas: "Agora o Japão ficará mais pacífico. Está pronto para cumprir a sua missão".
No dia 30 de agosto de 1947, foi declarada no Japão a liberdade de crenças. A Doutrina Messiânica pôde registrar-se como entidade religiosa, chamando-se Nipon Kannon Kyodan (Doutrina de Kannon no Japão).
Meishu Sama construiu um Paraíso-miniatura em Hakone, onde passava o verão, e outro em Atami, onde ficava no inverno.
Em Hakone, menos de dez anos depois de contar à esposa seu plano de construir um Museu de Arte, lá estava o Museu!
Foi um espanto geral! Como Meishu Sama tinha podido construir um Museu tão belo em tão pouco tempo? Lá estava um Museu completo, aberto ao povo. No dia da inauguração, a fisionomia de Meishu Sama era um poema de felicidade.